天气因素：
低温寡照、连续阴雨、冰雪天气易使辣椒花芽分化不良而造成开花结果不良。
根系发育不良：
冬季辣椒开花前受不良条件的限制，根系瘦弱不发达，花芽分化所需的营养供应不足；春季结果后，肥水猛攻，造成伤根，根系供水供肥不足而落花落果。
管理不当：
比如苗床管理不当形成大量弱苗、没有起高垄栽培、通风不当、浇水时大水漫灌、施肥不合理等，这些都能影响到作物根系的发育。
根部病害：
大棚连年连作棚内病菌泛滥，又没有恰当地做土壤处理，导致病害更加严重。
增光促温：
尽可能地改善棚内光照条件；定植时，适当加大株行距，减少株间遮光；保持棚膜清洁，防止膜面附着水滴和灰尘；蔬菜生长中后期充分利用反光幕，可使地面增加光照强40%，棚温提高3-4℃，地温提高1.8-2.9℃，能防止叶片早衰，促进保花坐果。
少分苗，减少根系受伤：
针对辣椒根细弱、量少的情形，育苗要选配疏松、肥沃的育苗土，为幼苗根系发育创造良好的条件。可采用营养钵育苗，减少移栽次数，避免分苗时根受伤。移栽时间适当提早，以减少伤根。
改栽后浇水为栽前浇水：
不少菜农在定植时为求操作方便，往往是先干栽后浇水。这样浇水后土壤板结较为严重，土壤透气性差，表层水肥充足，根系在浅层土壤横向发展，对将来根系的扩展起了局限作用。如果定植前先浇透水，可诱导根系向纵深发展，有利于控制植株旺长，形成壮棵。同时，先浇水还可保证地温稳定，更利于根系的生长和缓苗。
科学管理、合理施肥：
育苗时进行寒冷训练，育壮苗；栽培时起高垄、覆盖地膜，有效提高地温以及保水。
施肥量大、耕层过浅容易使毛细根受伤；基肥施用过量或有机肥不能充分腐熟，可直接造成烧根死棵；蔬菜结果期*冲施化肥量过大，也可造成烧根死棵。适宜的施肥方法为：在浅层适量施用基肥，再开沟深施生物肥等，可起到改善土壤、预防病害、促生新根和促使根系向纵深发展等多重作用。蔬菜进入结果期后营养生长与生殖生长同步，不宜过多使用氮肥，可适量冲施优质复合肥。在温度偏低或偏高时，应减少化肥的用量，增施生物肥，以保证根系正常生长发育。由于根系所需要的养分多由中下部叶片提供，因此对下部叶片不宜贸然摘除，并且要严格控制叶部病害。
防重于治：
辣椒根系浅，在根受到伤害的情况下，很容易发生根部病害，除常见的镰刀菌根腐病、枯萎病、立枯病外，近几年疫霉根腐病危害明显增加。而一些菜农“重治轻防”的想法，常错过预防根部病害的关键时期，因而防治辣椒死棵一定要注重苗子定植前后的预防。
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